白酒属于自然发酵，所以参与的微生物较多。一般来说，白酒中除了酒精和水以外，还有大量的其他化合物，在这些化合物中除了对人体健康有作用的化合物，也有一些有害物质。那么白酒如何去除有害物质呢?
1、甲醇的消除
甲醇是白酒中常见的有害物质，其毒性比较高，基本上超过4g就会让人中毒，超过10g可能引起失明，超过30g就会致命，十分危险。选择原料时，过熟的或腐败的水果、薯类以及野生植物（如橡子），因其果胶霉含量较高，用这些原料来酿酒，甲醇含量会高，因此应选择含果胶霉少的原料来酸酒，以降低甲醇的含量。
使用黑曲作糖化剂时，由于黑曲霉所含果胶质较多，因此成品酒的甲醇含量也高。若使用黄曲作糖化剂，由于它所含果胶酶少，因而成品酒的甲醇含量也低。利用甲醇在酒精浓度高时易于分离的特点，可通过增加塔板数或提高回流比的方法，提高酒精浓度，把甲醇从酒精中提取出来。蒸时，若控制回流比在10～1∶20，可把甲醇分离出来。
2、醛类的消除
为降低醛类含量，白酒生产中应少用谷糠、稻壳，或对辅料预先进行清蒸处理。在蒸酒时，严格控制流酒温度，进行掐头去尾，以降低酒中总醛的含量。
3、杂醇油的消除
杂醇油是白酒中必不可少的成分，但是过量却对身体有害，会产生头疼等状况，像戊醇、丁醇、异戊醇等，其中异戊醇毒性比较大。杂醇油的沸点一般高于乙醇（乙醇沸点为78℃，丙醇为97℃，异戊醇为131℃），在白酒蒸馏时，应掌握温度，进行掐头去尾，减少成品酒的杂醇油含量。
3、除铅
白酒是蒸馏酒，本身不含铅，若白酒中有铅就是因为盛酒时没有选择好设备，所以在生产过程中要加强管理，避免产酸菌的污染，因白酒中的酸度太大，那铅的溶蚀作用就越大。如果含铅量过高，我们可以利用生石膏或麸皮将其中的铅盐凝集之后析出，在白酒中加入 0.2%的生石膏或麸皮，搅拌均匀，静置 1小时后再用多层绒布过滤，也能除去酒中的铅，但这样处理会使酒的风味受到影响，需再进行调味。
