RNA测序到底可不可靠
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RNA测序在生物科学和医学研究中非常流行，而且正在逐渐走向临床应用。那么RNA测序到底可不可靠呢？由美国FDA牵头的测序质量控制(SEQC)项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估，并将初步调查结果发表在Nature Biotechnology杂志上。
RNA测序可以检测人类和其他生物的基因表达情况。最近这一方法在生物科学和医学研究中非常流行，而且正在逐渐走向临床应用。与之前的方法相比，RNA测序的优势是便于研究选择性剪切形成的基因异构体或转录本。
那么RNA测序到底可不可靠呢？日前，由美国FDA牵头的测序质量控制(SEQC)项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估，并将初步调查结果发表在近日的Nature Biotechnology杂志上。石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。
研究团队使用RNA参照样本，在全球多个实验室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平台上进行了检测。研究人员主要是评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现，并将其与芯片和定量PCR(qPCR)进行比较。
研究人员发现，所有测序深度都会出现未注释的外显子-外显子连接区域，其中80%以上都得到了qPCR的验证。用RNA测序检测相对表达可以得到准确且可重复的结果，但RNA测序和芯片都不能提供精确的绝对测量，而且研究用到的平台都存在基因特异性的偏好，包括qPCR。
数据分析的算法也会对RNA测序产生很大影响，不同算法生成的转录本数据差异很大。研究显示，赫尔辛基大学和曼彻斯特大学开发的BitSeq能生成最可靠的结果，这一方法以概率建模为基础。
RNA是测序深度为什么
RNA测序深度,当Reads（50bp，single end ）数目从2.5M增加到10M时，ROC曲线质量增加的很明显，Reads数目从10M增加到30M时，ROC没有显著的提高。当Reads的数目从2.5M增加到10M时，发现差异基因的能力（ 类似于敏感度 ）和数目都有显著的提高，而Reads的数目大于10M时，就显得疲软了。logFC（ fold change 取对数）的变异系数（ CV ），这个变异系数越小，说明fold change的值在不同重复间的重复性更好，结果更优。同样看到Reads数目从2.5M增加到10M时候，变异系数减小的明显，而Reads数目大于10M后，曲线的趋势趋于平缓。
RNA测序与整个基因组测序相比有什么优势?
RNA测序也就是所谓的RNA-seq，通常指的是转录组测序，只测细胞中的转录本。只有基因组中被转录出来的那部分能测到。通常用于寻找差异表达基因以及发现新基因。而基因组测序是整个基因组都测，不管转录不转录，通常用于基因组组装，重测序进行基因分型等。
这是根本不同的两个东西，一个是测转录组，一个是测基因组，它们的不同就是转录组和基因组的不同。至于优势，根据自己的目的来判断吧。
欢迎追问。
全基因组测序比snp芯片有哪些优点
这个可从佳学基因的不同项目的描术中找到答案。佳学基因的铂金至尊因解码采用全基因组测序，而肿瘤风险评估最初的版本是采用SNP芯片法。按照佳学基因解的描述。全基因组测序，测的是全部序列，可以发现别人没有、您个人独有的基因序列变化。而芯片只能检测已知的变化，而且只能是有限的基因序列。尽客SNP芯片法检测成本低，便获得的信息的完整性同全基因组测序相比差很远。如果您要做罕见疾病的病因查找或者是肿瘤发病原因的查找，应当选择佳学基因基于全基因组测序的铂金至尊基因解码基因检测。
RNA的提取方法步骤及原理.
RNA抽取一般使用Trizol法抽提:Trizol是一种总RNA抽提试剂，内含异硫氰酸胍等物质，能迅速裂解细胞，抑制细胞释放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法进行提取组织或细胞中的RNA。Trizol作用原理:在匀质化或溶解样品中，Trizol试剂可保持RNA的完整性，同时能破坏细胞及溶解细胞成分。加入氯仿离心后，裂解液分层成水相和有机相。RNA存在于水相中。水相转移后，RNA通过异丙醇沉淀回收。移去水相后，用乙醇可从中间相沉淀得到DNA，加入异丙醇沉淀可从有机相得到蛋白质。扩展资料与DNA不同，RNA一般为单链长分子，不形成双螺旋结构，但是很多RNA也需要通过碱基配对原则形成一定的二级结构乃至三级结构来行使生物学功能。RNA的碱基配对规则基本和DNA相同，不过除了A-U、G-C配对外，G-U也可以配对。在细胞中，根据结构功能的不同，RNA主要分三类，即tRNA（转运RNA），rRNA（核糖体RNA），mRNA（信使RNA）。mRNA是合成蛋白质的模板，内容按照细胞核中的DNA所转录；tRNA是mRNA上碱基序列（即遗传密码子）的识别者和氨基酸的转运者；rRNA是组成核糖体的组分，是蛋白质合成的工作场所。参考资料来源：百度百科-RNA
深度测序的read是什么 mapping到基因组是RNA还是DNA基因组。是否所有的深度测序都要RNA先反转录成cDNA
深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将DNA打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。
至于是mapping到基因组还是DNA基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要RNA反转，这其实要看你想做什么分析，如做转录组、表达谱分析就只需RNA样品，而做全基因组重测序当然就要DNA了。
什么是普通的基因测序，它和高通量测序有什么区别吗？
“普通的基因测序”应该是指“常规DNA测序”吧，是用Sanger法（也就是双脱氧法）进行测序的方法，目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序，基本上可以做到600bp-800bp的读长。
高通量测序的概念其实是一个相对的概念，在2000年的时候，3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序，是相对手工测序或者跑平板胶来说的。
不过到2005年以后，高通量测序就改指第二代测序（Next generation sequencing），454、Solexa(后改为Illumina）和SOLiD等第二代测序，比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍，甚至上亿倍，所以称为高通量测序。
NGS的特点主要有：
1、通量高，一个RUN能产生500Mb-600Gb的数据量
2、读长相对较短，454(约400-500bp)， Illumina（100-250bp）,SOLiD（75-100）
3、单位数据的成本非常低，现在很多项目测序的费用，已经非常低，生物信息分析成本变得更为重要了。
为什么高通量测序dna是深度，rna测序是多少m
由于RNA表达的时空和时间的特异性，所以不同时刻或者是同一时刻不同组织内RNA表达的数目有着较大的差别，所以我们在说RNA的测序数据量时就不能够用测序深度来表示。一般在说RNA测序时会说我们测了多少的cluster, 就是打断后的RNA分子。比如说某一个RNA样本测序用了30M(30million)的cluster,采用双端测序技术，就是每个cluster从两端都测一次，每次测150bp,所以就会得到30M*2=60M的reads数，然后reads数乘以每条read的长度就是我们最后的测序数据量（碱基数），即为60M*150=9G的碱基数。
RNA测序与整个基因组测序相比有什么优势
朋友你好！
虽然RNA种类多样，但我们拿来测序的一般是信使RNA即mRNA。众所周知mRNA是核内基因表达时通过转录修饰后的产物，其直接通过招募核糖体结合tRNA进行翻译表达。因此相比于DNA，mRNA上既没有复杂庞大的非表达DNA部分（这类DNA元件不会转录出mRNA）,也不含内含子等表达基因的冗余部分，可以说mRNA是最接近所表达的蛋白产物的模板了。因此RNA测序直观，简洁，高效的反映了某一时刻生物体蛋白质的表达水平，具有简洁性和时效性。
希望帮到你，欢迎追问~
