漆黑的追踪者结局怎样？
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。
小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……
当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。
需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。
期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”
中途推理时，大叔又做出了那种很荒谬的推论……目暮说如果工藤在就好了……高木很多嘴的说在那场黑衣骑士的戏里，新一出现了……正好，被某内奸听到了……
侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A 柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。
后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，（营救之后找她问事情原由。
原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。
柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢 而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。（高木很多嘴地在他面前说了他曾经看到新一的事。于是IRISH用了黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，竟然98%相似）
之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，
两人同时射击时，真是吓死某。还好只是车轱辘被打爆了。组织还没有那么傻，直接和警察对抗。
佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细 佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。
在后半部分，通过观看星象，小五郎也顺利地推理出了一些脉络。
故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，
小兰由于看到电视录象里柯南的样子，去了铁塔……为了保护柯南与IRISH发生激斗，她想用踢头攻击，谁知道IRISH是个空手道高手……兰被打倒……就在他要解决兰的时候，兰突然想起TV001中新一告诉她的关于弹道的原理……成功躲过子弹，只是头发被打碎很多……
柯南为了保护小兰，用变声器和手表灯引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。
所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~然后就开始虐柯南……比大叔虐待他更可怕……扔来扔去啊……就在他要解决柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。
可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……
之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。
而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。
就在柯南被逼入绝境的时候，巧用博士的新发明不但脱险，还打掉了琴酒的飞机
众多警察赶到，营救成功~~~欢喜大结局！
看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”
后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机~~~
漆黑的追踪者剧情
漆黑的追踪者剧集简介：以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的。”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗，危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。剧集评价在剧情安排上，《漆黑的追踪者》采用了剧场版惯用的双线同时进行最后汇聚的形式。案件公布后，以柯南为代表的侦探帮和以目暮警官为代表的警方帮两方人马都分别撒开大网，紧锣密鼓地对杀人案展开侦破，不断推翻原有假设，再将包袱一个个抖出来，让剧情既有联系又处处玄机。
